Evaluation et caractérisation des duplications dans le génome du Tournesol-microsynténie avec le génome d'Arabidopsis thaliana

Le projet présenté vise à établir les bases de la constitution d'une carte physique globale du génome du Tournesol, plante nodale des Astéracées, elle-même étape préalable à l'établissement d'un projet de séquençage du génome. La construction de contigs régionaux pour des zones-clés du génome en relation avec l'amélioration agronomique du Tournesol sera envisagée. On privilégiera bien entendu l'analyse des zones génomiques impliquées dans l'induction de la polarité, l'embryogénèse zygotique ou l'embryogénèse somatique. Ces étapes devraient permettre de définir la faisabilité d'une cartographie physique globale du génome du Tournesol. Ce projet de recherche sera mené en collaboration avec les trois laboratoires partenaires du projet HeliantMap et devrait profiter de l'ensemble des résultats générés.

L'établissement de l'étendue de la macro-synténie entre le génome du Tournesol et celui d' A. thaliana se réalisera par une approche bioinformatique en réalisant une cartographie in silico chez A. thaliana des quelques centaines d'EST séquencées et génétiquement cartographiées chez le Tournesol. UNe vérification expérimentale sera ensuite réalisée en cartographiant génétiquement chez le Tournesol, dans une collection de RILs, des gènes très conservés dont la localisation physique sur le génome d'A. thaliana est connue. Ces données seront intégrées à la base de cartographie du tournesol HeliantMap (http://leila.ensat.fr/HeliantMap/) en cours de construction. La définition de la nature et de l'organisation des duplications dans le génome du tournesopl sera abordée par une analyse systématique de la répartition de pools d'EST et de microsattelites dans une banque BAC. La comparaison des localisations génétiques et physiques de ces marqueurs déjà cartographiés génétiquement devrait permettre de caractériser l'étendue des duplications. Enfin, l'identification et analyse de l'organisation des principales séquences répétées chez le Tournesol sera un objectif a atteindre par un séquençage shot-gun de quelques dizaines de sous-clones BAC. 

Collaborations
P. Rouze (GAnd, Belgique); B. Abbott (Clemson, USA); R. Heinz (INTA, Argentine)